В настройках Pidgin отсутствует опция смены сочетания клавиш для отправки сообщений. Лечится это выполнением в терминале команды:

cat << EOF >> ~/.gtkrc-2.0
binding "my-bindings"
{
bind "Return" { "insert-at-cursor" ("\n") }
bind "Return" { "message_send" () }
}
widget "*pidgin_conv_entry" binding "my-bindings"
EOF

После этого необходимо перегрузить Pidgin.